Po zakończeniu budowy przystąpiono do dekorowania katedry. Na początku XIV wieku powstały malowidła na sklepieniu prezbiterium oraz w konsze absydy. W 1410 roku powstała ceglana attyka, a w 1419 roku zbudowano przylegającą do nawy południowej kaplicę Lepelów. We wnętrzu katedry ustawiono ołtarze, stalle kanonickie, granitową chrzcielnicę i wielki krucyfiks mistyczny. Kościół ukończono pod koniec XV wieku.
Zbudowano wówczas przylegający do prezbiterium od strony południowej kapitularz oraz wyposażono katedrę w nowe organy fundacji biskupa Benedykta Wallensteina. Około 1480 roku w prezbiterium ustawiono ołtarz główny. W czasie reformacji po śmierci ostatniego biskupa katolickiego Erazma Manteuffela w 1544 roku. świątynia przeszłą w ręce protestantów. W okresie od 1544 do 1810 roku świątynia była siedzibą luterańskiej kapituły, a później stała się kościołem unijno-ewangelickim. Usunięto wtedy około 20 ołtarzy, które były wzmiankowane już od początku XIV wieku, a pozostawiono jedynie tryptyk ołtarza głównego z drugiej połowy XV wieku. Świątynią luterańską pozostawała do 1945 roku (pomimo wprowadzenia protestanckiej ordynacji kościelnej zachowano rangę katedralną świątyni i do XIX wieku przy kościele istniała kapituła katedralna). Podczas wojny trzydziestoletniej (1618—1648) doszło do zniszczenia wnętrza.