Okres II wojny światowej Podczas II wojny światowej obiekt doznał niewielkich uszkodzeń w wyniku kilku artyleryjskich pocisków, które zniszczyły oszklenia oraz pokrycie dachowe. Wnętrze katedry zostało ogołocone z głównego ołtarza – tryptyku, krucyfiksu z 1270 roku (obecnie znajdującego się w Muzeum Narodowym w Szczecinie) oraz ze skarbca katedralnego. Z dawnego skarbca katedralnego zaginęła większość cennych dzieł sztuki w tym duński relikwiarz św. Korduli z około 1000 roku. Te obiekty zostały przeniesione do pobliskiego kościoła w Benicach, gdzie opiekę nad protestancką świątynią sprawował Hasso von Fleming, tuż przed nadejściem frontu. Po zakończeniu działań wojennych katedra została przejęta przez katolików i powróciła do roli katolickiego kościoła parafialnego. Jej rekoncyliacji dokonał 16 września 1945 roku ksiądz Henryk Kulikowski.