Cierpienie nerwowe sprowadziło śmierć przedwczesną Lindleya”Wielka Encyklopedia Powszechna Ilustrowana, 1910, t. 43-44, s. 500., który odszedł 20 kwietnia 1906 r. w zakładzie leczniczym w Ober Ursel, w wieku zaledwie 47 lat. Jak pisał Emil Sokal: „Przyczyny przedwczesnego zgonu szukać należy w przeciążeniu pracą zawodową, z której początkowo wywiązała się choroba nerwowa, a gdy pomoc lekarza okazała się bezowocną, gdy podróże i pobyt w klimacie południowym, zamiast ulgi i poprawy, wywołały skutek niepożądany, chory powrócił do Frankfurtu i leczył się w sanatorium dla nerwowo chorych, gdzie życie pracowite zakończył”Archiwum Państwowe m. st. Warszawy, Zb. W. Przyborowskiego, „Józef Lindley...” Błędna adnotacja Przyborowskiego: 1905 r.. Pochowany na cmentarzu Haupt Friedhof w Marburgu.
W wyniku zniszczeń spowodowanych II wojną światową, wnuczka Josepha, Margaret Shulz, przeniosła kamień nagrobny z cmentarza do ogrodu swojego domu w tym mieście. Dzieło Lindleyów jest jednym z rzadkich śladów dawnego miasta we współczesnej Warszawie i jednym z licznych świadectw lindleyowskiej działalności w Europie.