W 1927 r. oba ośrodki kultu zostały przez władze komunistyczne zamknięte, w latach 1942–1959 funkcjonowała jedynie Mała kienesa (w Wielkiej w czasie II wojny światowej powstało muzeum). W czasach radzieckich eupatoryjskie budynki mieściły muzeum ateistyczne, szkołę pielęgniarek, kluby sportowe, przedszkole, muzeum krajoznawcze. W okresie pieriestrojki za miejsce religijnych zgromadzeń służyło jedno z pomieszczeń karaimskiej szkoły wyznaniowej tzw. midrasz. Tam też znalazła się w 1994 r. część wyposażenia z rozebranej przez władze komunistyczne kienesy w Haliczu.
Wielka kienesa Stanowi niewielki, stosunkowo wysoki, prostokątny budynek w stylu mauretańskim, z niewielkimi oknami u góry i dużymi, osłoniętymi kratami, na dole. Cały budynek wzniesiony jest z białego, inkermańskiego kamienia. Do świątyni prowadzą dwa wejścia z północnej i wschodniej strony. Ich półokrągłe, ostro zakończone arkady są zdobione delikatną rzeźbą w kamieniu. Przy wschodnim wejściu po obydwu stronach dwie wysokie marmurowe płyty upamiętniające zwolnienie Karaimów w 1827 r. z obowiązku przymusowego poboru do wojska.