Ołtarz małej kienesy pierwotnie zdobił świątynię w Haliczu, został stamtąd wyniesiony wraz z innymi przedmiotami (zwój Tory, tkaniny ołtarzowe tzw. parochety, świecznik i godło karaimskie) przed jej zniszczeniem w 1970 r. Resztę ocalonego wyposażenie przewieziono w latach 90. do kienesy w Wilnie.
Mała kienesa działa po długiej przerwie od września 1999 r. Sprawuje się tu nabożeństwa w dni powszednie oraz soboty. Zachowały się kamienne schodki, po których karaimskie kobiety wchodziły na przeznaczoną dla nich galerię na piętrze, tzw. babiniec.
Dziedzińce Między domami modlitewnymi znajdują się trzy dziedzińce (na wzór biblijnej świątyni w Jerozolimie), na których odbywają się zebrania społeczności. Pierwszy z nich zaczyna się zaraz za neorenesansowym wejściem z żeliwną bramą z 1900 r., obudowany jest arkadami, formę zadaszenia stanowi metalowa konstrukcja obrośnięta winną latoroślą. Na kolumnach wyryte są cytaty z Pisma świętego, a w jednej z nisz znajduje się fontanna do rytualnego obmycia dłoni.
Następny dziedziniec ma kształt kwadratu, jest otoczony marmurową arkadą z kolumnami i pokryty marmurowymi płytami. Na środku dziedzińca stoi masywny pomnik z białego marmuru. Postawiony został w 1851 r. na pamiątkę wizyty w kienesach 1 października 1825 r.