Następnie portugalski napastnik przejął opaskę kapitańską Benfiki po tym, jak piłkarską karierę zakończył António Veloso. Pinto, obok Luísa Figo i Manuela Rui Costy uważany był za jeden z największych talentów w portugalskiej piłce. Trzy razy z rzędu został wybrany najlepszym portugalskim piłkarzem – w 1992, 1993 i 1994 roku.
Następnie wychowanek Boavisty zdecydował się zmienić klub. W Benfice rozegrał łącznie 302 ligowe pojedynki, w których zdobył 90 goli. W 2000 roku podpisał kontrakt z odwiecznym rywalem Benfiki – Sportingiem CP, gdzie przez pewien okres tworzył znakomity duet napastników wspólnie z Mário Jardelem. Razem z „Lwami” Pinto sięgnął po mistrzostwo, puchar oraz superpuchar Portugalii. Dla Sportingu zaliczył 142 występy, w których zanotował 32 bramki. W 2004 roku Pinto po raz kolejny w karierze trafił do Boavisty, dla której tym razem grał przez kolejne trzy sezony. W czasie swojego najdłuższego pobytu w ekipie „Panter” portugalski napastnik zanotował 62 spotkania i trzynaście trafień.