W 2006 roku Portugalczyk podpisał kontrakt z SC Braga. W drużynie „Os Arsenalistas” rzadko kiedy pojawiał się jednak na boisku od pierwszych minut. Trener Bragi – Jorge Costa wolał bowiem stawiać na młodszego od Pinto o 10 lat Austriaka Rolanda Linza. 22 lutego 2008 roku portugalski napastnik zażądał od swojego klubu rozwiązania umowy, a następnie postanowił zakończyć karierę.
Kariera reprezentacyjna Pinto, początkowo występował w młodzieżowej reprezentacji Portugalii do lat 20, z którą w 1989 i 1991 roku zdobył mistrzostwo świata juniorów. W seniorskiej kadrze zadebiutował w 1991 roku. W 1996 roku wystąpił na mistrzostwach Europy, na których Portugalczycy dotarli do ćwierćfinału. João zagrał na tej imprezie we wszystkich czterech meczach. Zdobył w nich jednego gola w spotkaniu grupowym przeciwko Chorwacji. W 2000 roku Pinto także dostał powołanie na mistrzostwa Europy. Tym razem Portugalia odpadła dopiero w półfinale. Wychowanek Boavisty zagrał w każdym z pięciu spotkań i zanotował jedno trafienie w wygranym 3:2 pojedynku z Anglikami. Pinto w swojej karierze wystąpił również na Mistrzostwach Świata 2002, na których podopieczni António Oliveiry nie zdołali nawet wyjść z grupy. Pinto na mundialu nie zanotował ani jednej bramki, wystąpił za to w wygranym 4:0 meczu z Polską.