Część wschodnia prefektury stołecznej, która tworzyła w przeszłości miasto Tokio jest podzielona na 23 okręgi specjalne 特別区 tokubetsu-ku, popularnie w skrócie dzielnice 区 ku.
Dystrykt – Hokkaido 1 dystrykt (道 dō; province): Hokkaido (北海道 Hokkai-dō; lit. Dystrykt/Prowincja/Prefektura Północnego Morza, Northern Sea Circuit) – region administracyjny o nazwie tożsamej z regionem geograficznym i nazwą wyspy. Obecny, wewnętrzny podział administracyjny Hokkaido i nowe nazewnictwo zostały ustanowione 1 kwietnia 2010 roku. Dotychczasowe jednostki shichō zostały zastąpione czternastoma jednostkami o nazwach shinkō-kyoku (pięć) i sōgō-shinkō-kyoku (dziewięć). Nazwy te są tłumaczone łącznie jako podprefektury (subprefectures).
Prefektury miejskie 2 prefektury miejskie (府 fu; city prefectures): Osaka i Kioto.
Prefektury 43 prefektury (県 ken; prefectures).
Dla ułatwienia używa się w znaczeniu ogólnym przeważnie słowa prefektury na określenie wszystkich jednostek. Władzę wykonawczą w każdej z nich sprawuje gubernator (知事 chiji) wybierany co 4 lata w wyborach bezpośrednich, a ustawodawczą – jednoizbowy parlament (議会 gikai). Kandydaci w wyborach muszą być obywatelami lokalnej jednostki administracyjnej i mieć ukończone 25 lat.