Prefektury to jednostki administracyjne większe niż: powiaty (郡 gun) – w latach 20. XX w. ich funkcje administracyjne zostały przekazane miastom i wioskom położonym na ich terenie, obecnie figurują jako adresy pocztowe i częściowo wyznaczają granice okręgów wyborczych, znak 郡 wywodzi się od historycznej nazwy jednostki w Chinach, tłumaczonej jako komanderia); miasta (większe, ponad 50 tys. mieszkańców – 市 shi; mniejsze – 町 chō lub machi); wsie (村 son lub mura).
Jednostek miejskich i wiejskich jest łącznie 1777 (stan na 1 kwietnia 2009 r.), w tym dużych miast – 783, małych – 802, wiosek – 192.
Miasta „oznaczone” Wśród miast japońskich istnieją trzy grupy miast „oznaczonych”. Pierwsza z nich to miasta, które liczą ponad 0,5 mln ludności. Mają one status „miast oznaczonych rządowym rozporządzeniem” (政令指定都市 seirei shitei toshi). W październiku 2016 roku było ich 20: Sapporo, Sendai, Saitama, Chiba, Yokohama, Kawasaki, Sagamihara, Niigata, Shizuoka, Hamamatsu, Nagoya, Kyoto, Osaka, Sakai, Kobe, Okayama, Hiroshima, Kitakyushu, Fukuoka, Kumamoto.