W 1817 władze carskie podjęły decyzję o ufortyfikowaniu miasta, co wiązało się z licznymi wyburzeniami zabudowy Pióromontu i zakazem pochówków na tutejszym kirkucie. Na potrzeby budowy założenia bastionowego w 1831 zniszczono wewnętrzną część cmentarza (ok. ¼ powierzchni), natomiast zewnętrzna pozostała w dobrym stanie do czasu II wojny światowej. Z opisu Israela Klausnera w okresie międzywojennym na ocalałej części cmentarza znajdowały się groby m.in. Menachema Manisza – syna Icchaka Hajesa (pomnik nagrobny z 1636), Eljahu, syna Moszego Kramera, który zmarł w 1710, Moszego, syna Baala Betha Hillela, zmarłego w 1726, wileńskiego rabina Hillela, syna Jony ha-Lewiego, zmarłego w 1706. Ponadto na cmentarzu znajdowało się mauzoleum Eljahu, syna Solomona Zalmana, który był nazywany Gaonem z Wilna, oraz grób hrabiego Walentyna Potockiego, czyli Ger Cadyka „Nawróconego Sprawiedliwie”. W 1935 polskie władze uznały teren cmentarza za zabytkowy i podjęły decyzję o potraktowaniu go jako lapidarium o charakterze muzealnym"Vilniaus žydų Šnipiškių senųjų kapinių vieta" Kultūros paveldo departamentas 8 kwietnia 2008. Po wkroczeniu do Wilna hitlerowców nekropolia została zdewastowana z ich rozkazu. Ostatecznie cmentarz został zniszczony w latach 1949–1950 podczas budowy stadionu Žalgiris, w 1958 wybudowano kompleks sportowy i pływalnię.