Zezwolono wówczas na ekshumację części grobów, które przeniesiono na kirkut w Szeszkiniach, pozostałe groby zostały splantowane, a nagrobki zniszczone i użyte jako materiał budowlany przy realizacji obiektów sportowych. Przy Olimpiečių gatvė ustawiono wówczas granitowy pomnik upamiętniający zniszczony cmentarz. Na terenie pozostałym po południowej części cmentarza w latach 1965–1971 wybudowano Pałac Muzyki i Sportu (Koncertų ir sporto rūmai) (proj. Eduardas Chlomauskas z zespołem). Niezabudowany obszar został w 1996 poddany badaniom archeologicznym, podczas których potwierdzono, że ziemia nadal kryje szczątki zmarłych, których nie ekshumowano"Vilniaus žydų Šnipiškių senųjų kapinių vietai – valstybės apsauga" 15min.lt 8 lipca 2014 [dostęp 2016-12-18]. W 2005 w zachodniej części terenu pozostałego po nekropolii wybudowano zespół budynków mieszkalnych i biurowiec, inwestycja wywołała falę krytyki wśród międzynarodowych środowisk żydowskich oraz została potępiona przez ówczesnego prezydenta Izraela.