Po powrocie na Stadio Friuli wychowanek NK Domžale, po odejściu Morgana De Sanctisa, wygrał rywalizację z doświadczonym Antonio Chimentim i został podstawowym golkiperem drużyny. Złożona przez Rimini oferta transferowa została odrzucona, a Samir podpisał kontrakt z klubem z Udine do czerwca 2012 r. W 2009 r. IFFHS ogłosiła go 11 najlepszym bramkarzem roku. W maju 2011 r. ustanowił rekord ligi broniąc sześć rzutów karnych w sezonie. W sierpniu 2011 podpisał nowy kontrakt z Zebrami. W sumie dla Udinese Handanovič rozegrał 182 ligowe pojedynki.
Inter W lipcu 2012 roku postanowił przenieść się do Interu Mediolan. Mediolańczycy zapłacili za niego 11 mln euro oraz oddali połowę karty zawodniczej Marco Davide Faraoniego, który przeniósł się do Udinehttp://eurosport.onet.pl/pilka-nozna/liga-wloska/samir-handanovic-zawodnikiem-interu-mediolan,1,5184000,wiadomosc.html.. Na mocy postanowień czteroletniej umowy zarabia 1,8 mln euro rocznie. Pierwszym meczem Słoweńca dla Nerazzurrich było rozegrane 2 sierpnia spotkanie eliminacyjne w ramach Ligi Europy z Hajdukiem Split. Popisem nieprzeciętnych umiejętności Handanoviča, po przejściu do Interu, było derbowe spotkanie z Milanem, gdy wybronił wiele najtrudniejszych uderzeń na bramkę. Rozegrany 9 grudnia 2012 r. mecz z SSC Napoli był dla niego 200 w Serie A. 21 kwietnia 2013 r.