zagrał po raz 300 dla włoskiej drużyny (mecz z FC Parma). W Interze stał się jednym z najlepszych, jeśli nie najlepszym, piłkarzem. 19 czerwca 2013 został ostatecznie wykupiony przez Nerazzurrich. Kwoty transferu nie ujawniono, jednak została ona pomniejszona poprzez oddanie Udinese reszty praw do Faraoniego. Prawdopodobnie wyniosła ona ok. 8 mln euro. W sezonie 2020/2021 wraz z klubem sięgnął po Mistrzostwo Włoch. W lipcu 2023 ogłosił, że odchodzi z Interu Mediolan oraz zakończył piłkarską karierę.
Kariera reprezentacyjna mały|lewo|200px|Samir Handanovič podczas meczu Słowenii z Rosją. W reprezentacji Słowenii Handanovič zadebiutował 17 listopada 2004 w zremisowanym 0:0 spotkaniu ze Słowacją. Wcześniej grywał w drużynie do lat 21. Z seniorską kadrą brał między innymi udział w nieudanych dla Słoweńców eliminacjach do Euro 2008, w których był podstawowym bramkarzem kadry prowadzonej przez Matjaža Keka. W 2009 razem z zespołem narodowym Handanovič wywalczył awans do Mistrzostw Świata w RPA. Na mundialu Słoweńcy odpadli w rundzie grupowej, a Samir wystąpił we wszystkich 3 spotkaniach.