Sezon 2013 Sezon 2013 tenisista japoński zainaugurował od występu w Brisbane, osiągając półfinał, w którym został wyeliminowany przez Andy’ego Murraya. Podczas Australian Open Nishikori awansował do IV rundy, ponosząc porażkę z Davidem Ferrerem. Pod koniec lutego Japończyk wywalczył trzeci singlowy tytuł, a pierwszy w hali, w Memphis. W zawodach nie stracił seta, a po drodze pokonał m.in. w ćwierćfinale Marina Čilicia, a w finale 6:2, 6:3 Feliciano Lópeza.
Podczas sezonu na nawierzchni ziemnej w Europie, w maju, Nishikori awansował do ćwierćfinału rozgrywek ATP World Tour Masters 1000 w Madrycie po wyeliminowaniu m.in. w III rundzie Rogera Federera. Spotkanie o awans do dalszej rundy przegrał z Pablo Andújarem. Na Rolandzie Garrosie Japończyk awansował do IV rundy po wyeliminowaniu Jessego Levine’a, Gregi Žemlji i Benoît Paire’a. Następnie odpadł po trzech setach z Rafaelem Nadalem.