W połowie czerwca, na trawiastych kortach w Eastbourne, Japończyk osiągnął półfinał, po wcześniejszym wyeliminowaniu m.in. Radka Štěpánka. Pojedynek o finał imprezy zakończył się porażką Nishikoriego z Janko Tipsareviciem. Z Wimbledonu Japończyk odpadł w I rundzie po porażce z Lleytonem Hewittem. Również na kortach US Open Nishikori został pokonany w I rundzie, a przegrał z Flavio Cipollą.
Jesienią Nishikori osiągnął półfinał zawodów w Kuala Lumpur, pokonując po drodze m.in. Nicolása Almagro. Pojedynek o finał turnieju przegrał po raz kolejny w sezonie z Janko Tipsareviciem. Następnie japoński tenisista dotarł po raz pierwszy w karierze do półfinału turnieju kategorii ATP World Tour Masters 1000, w Szanghaju, eliminując m.in. Jo-Wilfrieda Tsongę. Spotkanie z Andym Murrayem, o awans do finału, Japończyk przegrał w dwóch setach. Na początku listopada Nishikori zagrał w Bazylei, osiągając finał po wcześniejszych wygranym m.in. z Tomášem Berdychem i liderem rankingu, Novakiem Đokoviciem. Spotkanie finałowe Japończyk przegrał z Rogerem Federerem 1:6, 3:6.
Sezon Nishikori zakończył na 25. miejscu w klasyfikacji ATP.