Armia portugalska miała bronić tylko portów i wybrzeża, w związku z czym już 29 listopada 1807 roku Junot stanął pod Lizboną. Armia portugalska, upadłszy na duchu, rozproszyła się. Ucieczka (29 listopada) królowej Marii i księcia-regenta wraz z całym rządem i dworem (około 10 tysięcy ludzi – nie licząc 9 tys. marynarzy – na 23 okrętach i 31 statkach handlowych) do Brazylii pozwoliła Janowi VI na nieprzerwane panowanie w oparciu o kolonie zamorskie. Był to poważny cios dla Napoleona, który napisał po latach: C’est ça qui m’a perdu („Tym mnie pokonali”).
Przebieg wojny Cicha inwazja (luty–lipiec 1808) Pod pretekstem wzmocnienia francusko-hiszpańskiej armii okupacyjnej w Portugalii, wojska cesarskie zaczęły wkraczać do Hiszpanii, początkowo witane z entuzjazmem przez społeczeństwo. W lutym 1808 roku Napoleon zrzucił jednak maskę sojusznika i nakazał wojskom francuskim obsadzić kluczowe punkty strategiczne i fortece hiszpańskieEsdaille, s. 300. Francuska kolumna, udająca konwój rannych żołnierzy, zajęła 29 lutego BarcelonęChandler, s. 605..