Sezon 2011/2012 Rubio zadebiutował w NBA 26 grudnia 2011, w meczu z Oklahomą City Thunder, w którym to zdobył 6 pkt., zebrał 5 piłek i rozdał 6 asyst w ciągu 26 minut. Dwukrotnie był wybierany najlepszym debiutantem miesiąca (grudzień i styczeń). Podczas All-Star Game wystąpił wraz z kolegą z drużyny Derrickiem Williamsem w Rising Stars Challenge, w drużynie Shaqa, oraz asystował Williamsowi w Slam Dunk Contest. Podczas meczu rozgrywanego w hali Target Center przeciwko Los Angeles Lakers, w wyniku zderzenia z Kobe Bryantem zerwał więzadło krzyżowe przednie, co sprawiło, że nie wrócił już do gry w tym sezonie. Opuścił w sumie 25 meczów tego sezonu. Został wybrany do pierwszej piątki NBA All-Rookie Team, a w głosowaniu na najlepszego debiutanta zajął 2. miejsce za Kyrie Irvingiem z Cleveland Cavaliers.
Sezon 2012/2013 W swoim drugim sezonie w NBA Rubio długo nie mógł grać z powodu kontuzji. Po raz pierwszy wystąpił dopiero w połowie grudnia, a na przełomie grudnia i stycznia znowu był zmuszony do przerwy. W sumie opuścił 25 meczów. W rozgrywanym w ramach All-Star Weekend Rising Stars Challenge grał w drużynie Team Chuck.