8 maja 1575 we Vranovie nad Toplą odbyła się pełna przepychu ceremonia ślubna Elżbiety z dwudziestoletnim Nádasdym. Małżeństwo zamieszkało na Węgrzech w zamku Sárvár, rodzinnej posiadłości rodziny Franciszka, który jako żołnierz większość czasu spędzał na walkach z Turkami. Samodzielnie zarządzając majątkiem, Elżbieta zasłynęła z okrucieństwa wobec sług, a także z tego, że utrzymywała kontakty z licznymi kochankami obojga płci.
Pierwsze dziecko z Nádasdym – córka Anna – urodziło się dopiero w 1585. W ciągu następnych dziewięciu lat na świat przyszła jeszcze trójka dzieci: Urszula, Katarzyna oraz jedyny syn, Paweł.
Elżbieta często odwiedzała ciotkę, Klarę Batory, organizującą regularnie wyuzdane orgie. Możliwe, że właśnie w takich okolicznościach poznała Dorotheę Szantes, która podsyciła sadyzm Elżbiety.
Rankiem 4 stycznia 1604 zmarł nagle mąż Elżbiety, Franciszek, prawdopodobnie z powodu otrucia. Gdy żył, z ochotą pomagał żonie w torturowaniu sług, zwłaszcza przyłapanych na kradzieży albo niewykonaniu polecenia, lub tylko o to podejrzewanych.
Będąc wdową od zaledwie czterech tygodni, Elżbieta Batory porzuciła żałobę i zaczęła bywać na cesarskim dworze w Wiedniu.