Kontrowersje Według węgierskiego historyka László Nagy Elżbieta Batory padła ofiarą spisku Habsburgów dążących do zagarnięcia WęgierLászló Nagy: A rossz hirü Báthoryak. Kossuth Könyvkiadó, Budapest 1984. Oba domy popadły w konflikt już w 1571 r., gdy Krzysztof Batory (wuj Elżbiety) stanął na czele pospolitego ruszenia przeciwko Habsburgom, a jego brat Stefan został księciem Siedmiogrodu. Po koronacji tegoż na króla Polski stosunki te uległy dalszemu pogorszeniu. W wojnie 1597–1602 cesarz Rudolf II Habsburg pokonał następcę Stefana Batorego – Zygmunta i zagarnął Siedmiogród, jednak już w kilka lat późnej w kraju wybuchło powstanie i władzę przejął Gabriel Batory. Ponieważ w Wiedniu obawiano się, że zamożna wdowa Elżbieta wesprze swego kuzyna, postanowiono ją usunąć. Dla urobienia opinii publicznej rozkręcono machinę propagandową i oskarżono pozostającą bez męskiej opieki Elżbietę o najobrzydliwsze zbrodnie, jakie współcześni mogli sobie wyobrazić. Nadzór nad sprawą powierzono Jerzemu Thurzo, któremu następnie jako jej krewnemu przypadła znaczna część wielkiego majątku oskarżonej. W 1613 r. kampania wojenna przeciwko Batorym dobiegła końca, a Habsburgom udało się zlikwidować kolejną dynastię stojącą na drodze do panowania w Europie Środkowo-Wschodniej (wcześniej zlikwidowani Luksemburgowie i Jagiellonowie).