Łącznie Weißflog odniósł 33 zwycięstwa w konkursach Pucharu Świata (do 2007 roku był to drugi wynik po Matti Nykänenie), a 73 razy stawał na podium. Jest jedynym skoczkiem, który skacząc dwoma różnymi stylami zdobył indywidualnie dwa złote medale olimpijskie oraz występując w dwóch różnych reprezentacjach narodowych (w 1984 roku w barwach NRD i w 1994 w barwach Niemiec). Zdobył pięć tytułów mistrza Niemiec (w 1991, 1993 i 1994 roku na normalnej skoczni oraz w 1993 i 1995 roku na dużej) oraz jeden srebrny medal (w 1991 roku na dużej skoczni).
Został odznaczony m.in. Złotym Orderem Zasług dla Ojczyzny (NRD) oraz Orderem Zasługi Republiki Federalnej Niemiec (1996). W 1991 roku otrzymał medal Holmenkollen wraz z austriackim skoczkiem Ernstem Vettorim oraz dwoma Norwegami: biegaczem Vegardem Ulvangiem oraz kombinatorem Trondem Einarem Eldenem.
Emerytura Jens Weißflog jest właścicielem hotelu w rodzinnej miejscowości oraz komentuje zawody w skokach dla niemieckiej telewizji ZDF. Był kandydatem do Volkskammer z ramienia Freie Deutsche Jugend w 1986 roku, a w 2009 roku został wybrany do rady miasta Oberwiesenthal z listy CDUSächsische Zeitung: Ski-Ass Jens Weißflog und sein neues Leben .