Prócz połączeń lokalnych, ostatnie 7 składów o numerach od 93 do 99 obsługiwało dalekobieżną linię Kopenhaga – Esbjerg, w związku z czym w latach 1986–1991 miała miejsce przebudowa ich wnętrza. Dzięki wysokiej mocy zespołów możliwe było ich łączenie z klasycznymi wagonami, co było praktykowane – spotykane były składy z wagonami osobowymi, pocztowymi i kuszetkami.
Od 1991 do 1994 w składach MR/MRD zamontowano nowy system bezpieczeństwa ruchu typu ATC oznaczony przez DSB jako ZUB 123.
1 sierpnia 1995 w okolicach stacji Jelling miało miejsce czołowe zderzenie pociągów, w którym udział brały dwa składy MR/MRD. W wypadku zostały ranne 54 osoby, w tym 19 ciężko.
W latach 1995–1997 najstarsze pojazdy eksploatowane od ponad 15 lat przeszły gruntowną modernizację w zakładach Partner für Fahrzeugausstattung w Weiden (obecnie Stadler Weiden). Podniesiono prędkość maksymalną z dotychczasowych 120 do 130 km/h i zamontowane zostały m.in. toalety z systemem zamkniętym, automatycznie zamykane drzwi i nowe wyposażenie wnętrza. Kotły olejowe w wagonach MRD wymieniono na nowe, a w wagonach MR całkowicie je zdemontowano. W wagonach MRD zlikwidowano również jednoskrzydłowe drzwi. Przy okazji modernizacji pojazdy otrzymały nowe barwy. Pudła pomalowano na biało, a dach, okolice szyby czołowej i dolny pas na szaro.