Historia Pierwotnie w miejscu tym znajdowała się żydowska osada Ajlabo (hebr. עיילבו), która jest wzmiankowana w Talmudzie i Misznie. Prawdopodobnie została ona zniszczona w I wieku. W średniowieczu żydowscy pielgrzymi przychodzili do tutejszego grobu rabina Mattia ben Charasze. W 1596 w wiosce Ajlabun mieszkało 13 muzułmańskich rodzin. W późniejszych latach wioskę zamieszkiwała duża populacja chrześcijańskich Arabów.
Podczas I wojny izraelsko-arabskiej w 1948 w wiosce stacjonowały siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej. W trakcie operacji Hiram w dniu 30 października 1948 na obrzeżach Ajlabun doszło do bitwy, w której Izraelczycy stracili cztery samochody pancerne i 6 rannych żołnierzy. Następnie izraelscy żołnierze wkroczyli do wioski. Mieszkańcy przywitali ich białymi flagami, a negocjacje w sprawie poddania wioski prowadzili czterej lokalni księża. Większość mieszkańców ukryła się w dwóch kościołach. Izraelczycy mieli wielki żal, ponieważ miesiąc wcześniej w wiosce doszło do procesji, w której miano nieść głowy dwóch zabitych izraelskich żołnierzy. Żołnierze nakazali wszystkim mieszkańcom zebrać się na głównym placu. W trakcie wychodzenia z kościoła został zastrzelony jeden stary człowiek. Izraelski dowódca rozkazał pozostałym (800 osób) iść pieszo do położonej 5 kilometrów na północ wioski Maghar.