Archiwum Cyfrowe "Gdynia w sieci" Muzeum Miasta Gdyni prowadzi archiwum cyfrowe Gdynia w Sieci. Celem archiwum jest digitalizacja zbiorów Muzeum Miasta Gdyni i ich udostępnienie szerokiemu gronu odbiorców. Projekt umożliwił stworzenie infrastruktury technicznej do digitalizacji, opracowanie i archiwizację zbiorów w formie cyfrowej oraz udostępnienie obiektów w atrakcyjnej formie poprzez wirtualne muzeum i interaktywną mapę Gdyni. Wizerunki obiektów udostępnione na stronie Gdynia w sieci stanowiące zasób Wirtualnego Muzeum Miasta Gdyni udostępniane są na licencji wskazanej na karcie każdego z obiektów.
Nagrody W 2022 roku Muzeum Miasta Gdyni otrzymało najważniejszą w Polsce muzealniczą nagrodę w konkursie na Wydarzenie Muzealne Roku Sybilla 2021 w kategorii "Edukacja" za projekt "Rok Tadeusza Wendy w Gdyni", którego koordynatorem był Dawid Gajos.
Struktura Muzeum posiada następujące działy:
Dział Historyczny Dział Sztuki Dział Projektów Ośrodek Edukacji Ośrodek Badań nad Gdynią Dział Głównego Inwentaryzatora Dział Wydawnictw Dział Komunikacji i Promocji Dział