Na początku 2006 roku Nakata zmienił barwy klubowe i przeszedł do szwajcarskiego FC Basel. Kosztował 700 tysięcy euro. W Swiss Super League swoje pierwsze spotkanie rozegrał 19 lutego, a klub z Bazylei zremisował w nim 1:1 z FC Schaffhausen. W Basel wywalczył miejsce w wyjściowej jedenastce i zarówno w 2006, jak i 2007 roku wywalczył mistrzostwo Szwajcarii. W tym drugim przypadku zdobył także Puchar Szwajcarii.
W 2008 r. wrócił do Kashimy Antlers.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Japonii Nakata zadebiutował 5 lutego 2000 roku w przegranym 0:1 spotkaniu z Meksykiem. W 2002 roku znalazł się w kadrze Philippe’a Troussiera na Mistrzostwa Świata 2002, których współgospodarzem była Japonia. Tam był podstawowym zawodnikiem drużyny Nipponu i wystąpił we wszystkich meczach: z Belgią (2:2), Rosją (1:0), Tunezją (2:0) i 1/8 finału z Turcją (0:1).
W 2004 roku Nakata wywalczył wraz z kadrą narodową Puchar Azji 2004. W 2006 roku został powołany przez Zico do kadry na Mistrzostwa Świata w Niemczech, jednak wystąpił tylko w przegranym 1:4 meczu z Brazylią.
Bibliografia Profil na stronie Premiere Football