W 1958 Legia zajęła 6. pozycję. W owym sezonie, wobec braku własnego toru i zupełnego braku zainteresowania żużlem ze strony warszawskich kibiców, zespół wszystkie swoje mecze (tj. jako gospodarz) rozgrywał nie jak dotychczas na stadionie Skry, lecz w obcych miastach. Rok 1959 zapowiadał się bardzo obiecująco sprowadzono ponownie Pawła Waloszka i „wojskowi” zdobyli brązowy medal w DMP.
Przed sezonem 1960 podjęto decyzję o połączeniu dwóch sekcji żużlowych: gdańskiego LPŻ Neptuna, który występował w III lidze, z Legią Warszawa. Nowy klub pozostał przy nazwie Legia, ale żużlowcy startowali już w Gdańsku, gdzie żużel przyciągał tłumy, tym bardziej, że żużlowcy Legii Gdańsk zdobyli srebrny medal DMP. W następnym sezonie w Gdańsku nastąpił kryzys i zespół ledwo się utrzymał, pokonując w barażach Unię Tarnów. Przed sezonem 1962 gdańska Legia została przejęta przez GKS Wybrzeże, w ten sposób ostatecznie zamknięto żużlowy rozdział Legii Warszawa. Sama SM Legia zniknęła z motocyklowej mapy Polski w latach 80. XX wieku.