Kiedy dodatkowo wybuchł głód, wykorzystując sprzyjające im nastroje ludności i wsparcie mogolskie i ojrackie, w roku 1408/1409 Chudajdad i Szajch Nur ad-Din zaatakowali Samarkandę. Miasto zostało zdobyte, a Chalil pojmany przez buntowników.
Kiedy Chudajdad walczył z Chalilem Sultanem, przeciągnął na swoją stronę Muhammada Dżahangira i przysiągł, że władza w Mawarannahrze znajdzie się w jego ręku. Późną zimą 1409 roku zaprosił on do Mawarannahru Szahrucha, prawdopodobnie spodziewając się, że ten poprze Muhammada Dżahangira, tak jak wcześniej zgodnie z testamentem Timura popierał jego wuja, Pir Muhammada. Szahruch jednak odmówił poparcia Muhammadowi i 13 maja 1409 roku wkroczył do opuszczonej przez Chudajdada Samarkandy. Ten ostatni zwrócił się o pomoc do władcy Mogolistanu Muhammada-chana (1408–1415), który początkowo przysłał mu posiłki pod wodzą swojego brata, później jednak ocenił, że w tym konflikcie większe szanse na zwycięstwo ma Szahruch, i zabił Chudajdada. Chalil Sultan, którego ukochana żona Szad al-Mulk wpadła w ręce Szahrucha, zdał się teraz na jego łaskę. Jego wuj uczynił go namiestnikiem Reju, w którym tenże zmarł w roku 1411. Namiestnikiem Mawarannahru z ramienia Szahrucha został jego 15-letni syn, Uług Beg (1447–1449), któremu ojciec przydał jako mentora sławnego emira Szahmalika.