Uług Beg nie rządził jednak w całym regionie. Tocharystan i Szadman otrzymał Muhammad Dżahangir, w Badachszanie pozostawiono rodzimą dynastię szachów pod kuratelą Idżila, syna Miranszaha, Balch otrzymał Kajdu, syn Pir Muhammada, a rejon Andiżanu i Kaszgaru – Amirak Ahmad, syn Umara Szajcha. Osobnego namiestnika otrzymał także region Chuttalianu. Tak więc Szahruch zdecentralizował władzę w regionie, natomiast swoją stolicę pozostawił w Heracie, do którego był bardzo przywiązany.
Władza Szahrucha w Mawarannahrze nie była pewna, ponieważ Szajch Nur ad-Din, mimo że początkowo zaprzysiągł posłuszeństwo Uług Begowi, później zaczął przygotowywać atak przeciwko niemu. 17 kwietnia 1410 roku pokonał on armię Uług Bega dowodzoną przez Szahmalika, który uciekł w góry, pozostawiając Samarkandę niebronioną. Kiedy jednak Szajch Nur ad-Din dotarł do niej, miejscowi notable, którzy przygotowali miasto do obrony, odmówili mu wstępu. Jego następnym krokiem było przeciągnięcie na swoją stronę Muhammada Dżahangira (według Hafiza-i Abru został on do tego zmuszony przez dawnych emirów swojego ojca). Przyłączyła się teraz do niego grupa nowych zwolenników, lecz kiedy Szajch Nur ad-Din przybył pod bramy Samarkandy razem z Muhammadem Dżahangirem te znowu pozostały przed nim zamknięte.