Po zakończeniu wojny w synagodze przez kilka lat ponownie odbywały się nabożeństwa, a w oficynie północno-zachodniej mieszkali żydowscy repatrianci z ZSRR. 11 sierpnia 1945 synagoga została splądrowana podczas antyżydowskich zamieszek na Kazimierzu. Następnego dnia wnętrze synagogi zostało podpalone, ale pożar udało się ugasić11 sierpnia 1945 r. w Krakowie - ::::Forum:::: Żydzi – Chrześcijanie – Muzułmanie.. W latach 1946–1947 znajdowała się w niej wytwórnia macy, a do śmierci rzezaka Abrahama Lesmana w 1985, funkcjonowała w jednym z pomieszczeń synagogi rytualna ubojnia drobiu.
W 1951 bożnicę przejęła spółdzielnia inwalidzka z przeznaczeniem jej na magazyny oraz zakład produkujący obuwie. Użytkowała ją do 1991. Obecnie synagoga jest w posiadaniu Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Krakowie, która w 1995 roku rozpoczęła jej remont.