Na przełomie 2000 i 2002 roku przeprowadzono rozległe prace konserwatorskie pod kierownictwem Józefa Furdyny, mające na celu przywrócenie synagodze jej dawnego wyglądu. We wnętrzu gruntownie odnowiono Aron ha-kodesz oraz znajdujące się na ścianach i suficie polichromie. Prace nad renowacją pochłonęły około 5 milionów złotych, z których 4,25 miliona przekazał Społeczny Komitet Odnowy Zabytków KrakowaSynagoga będzie żyła – gazeta.pl.. 29 kwietnia 2008 roku synagogę odwiedził książę Karol Mountbatten-Windsor z małżonką Camillą, gdzie spotkali się z przedstawicielami polskiej społeczności żydowskiejKsiążę Karol odwiedził Kraków – wiadomosci24.pl, 29.04.2008..
Obecnie synagoga służy jako miejsce spotkań, koncertów, wystaw, odczytów, szczególnie podczas Festiwalu Kultury Żydowskiej – stała się główną synagogą krakowskiej Gminy. W galeriach dla kobiet znajdują się korytarze domu gościnnego Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Krakowie.