W sierpniu 1933 roku, po dojściu Adolfa Hitlera do władzy, Dubnow przeniósł się do Rygi. III Rzesza zajęła Łotwę w lipcu 1941 roku, w wyniku czego Szymon Dubnow, wraz z tysiącami innych Żydów, znalazł się w ryskim getcie. W tym czasie, zgodnie z wspomnieniami osób, które go wówczas spotykały, zwykł powtarzać: Jidn, szrajbt un farszrajbt (jid. Żydzi, piszcie i zapisujcie.).
8 grudnia 1941 roku Dubnow miał zostać wywieziony razem z innymi Żydami z getta do lasu Rumbula. Jednak ze względu na to, że był zbyt chory, aby transportować go na miejsce kaźni, został zamordowany w getcie ryskim i pochowany w masowej mogile. Obecnie jest patronem szkoły żydowskiej w Rydze.
Poglądy
Dubnow był twórcą koncepcji żydowskiego autonomizmu, nazywanego także „nacjonalizmem diaspory”. Twierdził, że Żydzi są narodem, który musi dążyć do „duchowej autonomii”. Zdaniem Dubnowa, byli oni wówczas narodem niezależnym w sensie duchowym, społecznym i kulturalnym, ale nie polityczno-terytorialnym. Stąd też konieczna jest pielęgnacja języka jidysz, jako podstawowego czynnika kulturotwórczego. Z tego względu postulował autonomię kulturową dla Żydów żyjących w diasporze.