W dalszym rozwoju Muzeum przeszkodził wybuch II wojny światowej. Wówczas Dom im. Józefa Piłsudskiego został odebrany Związkowi Legionistów Polskich, a sam Związek zdelegalizowany. Do momentu wkroczenia wojsk niemieckich do Krakowa wszystkie eksponaty zostały usunięte z Muzeum i ukryte w kościołach, klasztorach i prywatnych mieszkaniach. Mimo tego, że oficjalnie Muzeum nie istniało, eksponaty były w dalszym ciągu gromadzone.
Podczas XLV Zjazdu Legionistów oraz ich rodzin, w obecności ówczesnego metropolity krakowskiego kard. Karola Wojtyły, poinformowano zebranych o działalności Muzeum od dnia wybuchu II wojny światowej. Delegaci w uchwale zobowiązali się do dalszego gromadzenia, poszukiwania i ochrony pamiątek po legionistach oraz przekazywania ich do Muzeum, jednakże o zwrocie siedziby w dalszym ciągu nie było mowy. Dopiero wydarzenia związane z „Solidarnością” zapaliły światełko nadziei dla Muzeum. Jednakże wprowadzenia stanu wojennego ponownie pokrzyżowało wszystkie plany władz Muzeum.