Zjazd Legionistów obradujący we wrześniu 1989 roku zobowiązał ówczesnego komendanta naczelnego Związku Legionistów Polskich, legionistę pułkownika Stefana Migdała do prawnego sfinalizowania spraw Muzeum. W porozumieniu z minister Kultury i Sztuki Izabellą Cywińską opracowany został Statut Muzeum. 30 kwietnia 1990 roku na stanowisko dyrektora Muzeum Czynu Niepodległościowego powołana została Zofia Korczyńska, zasłużona działaczka opozycji niepodległościowej, kawaler orderu Virtuti Civili. Powołana została również Rada Muzeum z legionistą majorem Władysławem Ochońskim.
Dom im. Józefa Piłsudskiego powrócił w posiadanie Związku Legionistów Polskich 1 stycznia 1991 roku. 3 sierpnia tegoż roku, w 69 lat od powołania do życia Muzeum, jego ekspozycja stała została ponownie otwarta.
Zamknięcie Od 2012 Związek Legionistów Polskich znajdował się w sporze z miastem Krakowem o budynek muzeum, pod którego to budowę działkę przekazało miasto jeszcze w 1922. Władze Krakowa przystąpiły na drogę sądową w celu uzyskania zadośćuczynienia z tytułu bezprawnego korzystania z budynku, a także chcąc odzyskać samą nieruchomość.