Do podpisania umowy przejęcia jednak nigdy nie doszło.
Na początku kwietnia 2019 MKiDN wszczęło z urzędu postępowanie administracyjne w sprawie zakazu dalszej działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego ze względu na niewywiązanie się ustaleń i niezrealizowania zaleceń pokontrolnych. W maju 2020 minister MKiDN Piotr Gliński zakazał dalszej działalności placówki i nakazał przekazać wszystkie zbiory w depozyt Muzeum Narodowemu w Krakowie z rygorem natychmiastowej wykonywalności, ze względu na interes społeczny.
Na zlecenie ministra kultury, urzędnicy wojewody małopolskiego w asyście policji weszli 13 kwietnia 2023 do budynku Muzeum Czynu Niepodległościowego na krakowskich Oleandrach i przejęli znajdujące się tam zbiory.
Zbiory Dawne ekspozycje w głównych salach: Sala „Kadrówki” – ekspozycja poświęcona Marszałkowi Józefowi Piłsudskiemu Sala „Honorowa” – ekspozycja poświęcona Marszałkowi Edwardowi Śmigłemu-Rydzowi, jedyna na świecie ekspozycja poświęcona wyłącznie jego osobie Sala im. ks. bp. gen. Władysława Bandurskiego – ekspozycja poświęcona duszpasterstwu wojskowemu, najbogatsza ekspozycja poświęcona temu zagadnieniu w Polsce Sala im. dr.