W marcu 2020 sąd rejonowy w Krakowie wydał wyrok, na mocy którego nieruchomość ma zostać zwrócona miastu w ciągu 2 miesięcy, a ponadto Związek ma zapłacić za bezumowne użytkowanie budynku od października 2012 do końca listopada 2016 ponad 995 tys. Miasto ma plan wykorzystać budynek jako centrum działalności krakowskich organizacji kombatanckich i patriotycznych.
Jednocześnie w 2018 kontrolę w muzeum zleciło Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego jako nadawca regulaminu placówki. W czasie kontroli wykazano wiele uchybień w przechowywaniu, katalogowaniu i prezentowaniu zbiorów, a także dostrzeżono rażące trudności w udostępnianiu kolekcji szerszej publiczności. Muzeum otrzymało zalecenia pokontrolne, których jednak nie zrealizowało z powodu braku środków finansowych. Na początku listopada 2018 komendant naczelny Związku Krystian Waksmundzki oraz dyrektor Muzeum Narodowego w Krakowie Andrzej Betlejem podpisali list intencyjny w sprawie przejęcia kolekcji i obiektu przez MNK z zamiarem utworzenia tam oddziału pod taką samą nazwą wraz z kolegium doradczym, w którym mieli zasiadać członkowie Związku.