11 września 1939 r. Jan Rożeński został aresztowany wraz z innymi polskimi działaczami Śląska Opolskiego i uwięziony w Opolu. Po trzech tygodniach wywieziony został do obozu koncentracyjnego Buchenwald. Żonę wysiedlono wraz z dwojgiem dzieci do Berlina a mienie skonfiskowano. Prześladowana przez Gestapo Helena Biniakowska zginęła tragicznie 21 grudnia 1940 r. Przed wybuchem wojny wywłaszczono z gospodarstwa i skierowano do przymusowych robót w Berlinie matkę Jana Rożeńskiego i brata Piotra natomiast siostrę Mariannę zasłużoną nauczycielkę polskich szkół osadzono w obozie Ravensbrück.
Z Buchenwaldu Jan Rożeński został przewieziony do Berlina do pracy w fabryce a następnie jako obywatel niemiecki został wcielony do wojska. Pod Bolonią dostał się do niewoli angielskiej a następnie został żołnierzem II Korpusu Wojsk Polskich pod dowództwem generała Andersa.
Do Polski wrócił z Anglii w 1947 r. Został wicestarostą Szczecina a potem wicestarostą Choszczna i starostą Wałcza. W latach 1950–1959 pracował w Gminnej Spółdzielni "Rolnik" w Złotowie. W 1959 r. objął kierownictwo internatu Zasadniczej Szkoły Zawodowej w Złotowie. Ze względu na pogarszający się stan zdrowia 1 lutego 1966 r. przeszedł na rentę.
Zmarł 27 lipca 1968 r.