Oprócz tego Patitucci występował: ze swoim własnym zespołem, z John Scofield Trio i grupą, utworzoną przez Roya Haynesa – Birds of a Feather (z Kennym Garrettem, Nicholasem Paytonem i Davidem Kikoskim). W tym samym roku basista towarzyszył w studiu nagrań pianiście Hankowi Jonesowi. Zaprosił go również do studia Herbie Hancock oraz producenci tworzący ścieżkę dźwiękową do filmu „The Manchurian Candidate” (z Denzelem Washingtonem).
W 2005 Patitucci nagrywał i koncertował z Jackiem DeJohnette’em, Danilo Perezem, Steve’em Khanem i ponownie z Hankiem Jonesem i Kennym Barronem. Po raz kolejny wziął udział w koncertach w Concordia College, wykonując utwór „Gardens and Pools”, skomponowany dla zaprzyjaźnionego z basistą Larry’ego Duttona. Dla Bridge Records nagrywał „Dialogues with the Double Bass” ze swym przyjacielem, także basistą, Jeremym McCoyem oraz orkiestrą Metropolitan Opera.
Kontynuując współpracę z Wayne Shorter Quartet, występował z nim m.in. w Carnegie Hall podczas JVC Jazz Festival oraz nagrał kolejną płytę zatytułowaną Beyond the Sound Barrier. W 2006 album ten zdobył nagrodę Grammy w kategorii Best Jazz Instrumental Album.