Realizując własne projekty sformował trio z gitarzystą Adamem Rogersem i zmieniającymi się perkusistami, którymi byli Brian Blade, Clarence Penn i Nasheet Waits.
Nagrody i inne formy uznania Zdobył dwie nagrody Grammy: za wykonanie i za kompozycję, a piętnastokrotnie był wśród nominowanych. Nagrodę tę otrzymywały też zespoły, których był członkiem lub płyty, w nagraniu których wziął udział.
Jego pierwszy solowy album John Patitucci doszedł do pierwszego miejsca na listach Billboard Jazz.
W 1986 roku przez członków National Academy of Recording Arts and Sciences (NARAS) został wybrany, jako kontrabasista, MVP („najbardziej wartościowym muzykiem”). Zdobył pierwsze miejsce w ankietach: Guitar Player Magazine (Najlepszy kontrabasista jazzowy w 1992, 1994 i 1995 roku) oraz ankietach czytelników Bass Player Magazine (Najlepszy kontrabasista jazzowy w 1993, 1994, 1995 i 1996 roku).
Był jurorem podczas 8. edycji Independent Music Awards, promujących i doceniających osiągnięcia muzyków niezależnych. W 1999 był główną postacią międzynarodowego spotkania basistów (International Society of Bassists).