W starciu z wyposażonymi w artylerię wojskami Cromwella, siły Jamesa Butlera stały na straconej pozycji. Anglicy oblegali jedno miasto po drugim i szybko je zdobywali. Zdobyli między innymi silnie bronione Waterford. Wyjątkiem było oblężenie Clonmel w roku 1650, podczas którego Irlandczycy zadali Anglikom duże straty i obronili miasto. W tym samym roku Cromwell powrócił do Anglii, powierzając dowództwo Henry'emu Iretonowi. W maju 1650 r. Anglicy pokonali ponownie powstańców w bitwie pod Macroom.
Po porażce w bitwie pod Scarrifholis Butler zbiegł do Francji. Jego miejsce zajął Sir Ilick Burke. W lipcu roku 1651 po kolejnej porażce w bitwie pod Knocknaclashy siły Irlandczyków i Rojalistów kontrolowały już tylko niewielki obszar na zachód od rzeki Shannon, miasta Limerick i Galway a także niewielką enklawę w hrabstwie Kerry. Ireton obległ Limerick, natomiast armia północna podeszła pod miasto Galway. Oba miasta były silnie umocnione i dopiero głód i choroby w trakcie długiego oblężenia zmusiły obrońców do kapitulacji. Po kapitulacji Limerick (1651) i Galway (1652) opór irlandzki został stłumiony. Wielu Irlandczykom nie odpowiadały jednak warunki kapitulacji, dlatego też kontynuowali jeszcze rok walkę partyzancką.