Anglicy surowo jednak karali wszystkich wspomagających partyzantów, paląc ich pola uprawne, niszcząc całe wioski co doprowadziło szybko do wybuchu głodu i zarazy. Ostatnia zorganizowana grupa rebeliantów skapitulowała w Cavan w roku 1653.
Liczba ofiar kampanii była ogromna, z czego większość zmarła z głodu i zarazy, które szerzyły się w wyniku celowego pozbawienia Irlandczyków środków do życia. Według danych Williama Petty (Down Survey) w latach 1641-1653 w Irlandii śmierć poniosło od 400 do 620 tysięcy ludzi. Obecne szacunki mówią o śmierci blisko jednej trzeciej populacji IrlandiiSamuel Totten, Paul Robert Bartrop. Dictionary of Genocide: Volume One: A-L, 2007 r., s. 91, która liczyła przed kampanią Cromwella około 1,5 mln ludności.
Surowość Cromwella wobec Irlandczyków wynikała po części z głębokiej antypatii religijnej wobec katolicyzmu, a także z chęci ukarania katolików za powstanie irlandzkie w 1641 roku, a w szczególności masakrę protestantów w Ulsterze.