Włodzimierz Nykiel był powoływany na eksperta i konsultanta licznych instytucji publicznych i pozarządowych, takich jak International City Management Association w Waszyngtonie (1991–1992), Komisja Wspólna Rządu i Samorządu Terytorialnego (1995–1996), Biura Studiów i Ekspertyz Kancelarii Sejmu (1995–1997), rządowe rady doradcze. Od 2006 do 2010 zasiadał w Radzie Legislacyjnej. W latach 1997–2001 był członkiem Trybunału Stanu w rekomendacji posłów AWS. Został członkiem Europejskiego Stowarzyszenia Profesorów Prawa Podatkowego i innych międzynarodowych organizacji zrzeszających specjalistów prawa podatkowego, a także Łódzkiego Towarzystwa Naukowego i rad programowych czasopism naukowych („Przeglądu Podatkowego”, „Kwartalnika Prawa Podatkowego”, „Prawa i Podatków”).

W 2015 wystartował w wyborach parlamentarnych jako lider listy wyborczej Platformy Obywatelskiej w okręgu łódzkim. Otrzymał 21 708 głosów, uzyskując tym samym mandat posła na Sejm VIII kadencji. Został członkiem sejmowej Komisji Edukacji, Nauki i Młodzieży oraz Komisji Finansów Publicznych.