Metabolizm komórki podlega kontroli poprzez: regulowanie ilości enzymów, regulowanie ich katalitycznej aktywności, oraz przestrzenne udzielenie zachodzących reakcji.
Regulowanie ilości enzymów odbywa się dzięki zmianom szybkości transkrypcji genów kodujących poszczególne enzymy.
Regulacja aktywności enzymów odbywa się poprzez ich modyfikację kowalencyjną, polegającą najczęściej na odwracalnej fosforylacji, która może zwiększać lub zmniejszać aktywność enzymu.
Innym sposobem zmian aktywność jest kontrola allosteryczna polegająca na zmianie aktywności przez związki chemiczne, najczęściej biorące udział w cyklu reakcji składających się na szlak metaboliczny.
Ostatnim sposobem na regulację jest podział komórki na wiele izolowanych przedziałów – tzw. kompartmentacja komórki. Kompartmenty utworzone są przez system błon białkowo-lipidowych w komórce eukariotycznej wyraźnie oddzielone pozostają mitochondria, chloroplasty, czy jądro komórkowe; jednak cytoplazma także podzielona jest przez siateczkę śródplazmatyczną na wiele przedziałów o ograniczonej możliwości przemieszczania substancji.