Kompartmentacja komórki umożliwia kontrolę zachodzących w niej reakcji biochemiczny w najprostszy sposób – poprzez limitowanie dostępności substratów dla zachodzących w odpowiednich przedziałach komórki szlaków metabolicznych.
Przenoszenie energii pomiędzy reakcjami Reakcje chemiczne mogą zachodzić spontanicznie jedynie, gdy zmiana energia swobodnej ma wartość ujemną.
Reakcja: A + B → D dla której zmiana energii swobodnej wyniesie ΔG°'= −23 kJ mol−1 – zajdzie.
A reakcja: D + E → F dla której zmiana energii swobodnej wyniesie ΔG°'= +23 kJ mol−1 – nie zajdzie.
W reakcjach składających się na szlaki anaboliczne występują jednak reakcje, które przy uwzględnianiu zmian energii swobodnej podstawowych produktów i substratów nie powinny zachodzić. Przykładem reakcji termodynamicznie niekorzystnej jest: 1. pirogronian + CO2 → szczawiooctan
Reakcja taka jednak w organizmach zachodzi. Jest to możliwe dzięki połączeniu reakcji termodynamicznie niekorzystnej z reakcją termodynamiczne korzystną, tak aby całkowita zmiana energii swobodnej była ujemna. W komórkach obecny jest uniwersalny nośnik energii, który przenosząc energię pomiędzy reakcjami umożliwia zajście dowolnej reakcji. Nośnikiem energii w komórkach jest ATP. Hydroliza tego związku przebiegająca według reakcji: 2.