Po 1945 roku Kościół pozostawał w ruinie aż do roku 1979. Wtedy to, dzięki nowemu proboszczowi ks. Tadeuszowi Brandysowi, rozpoczęła się odbudowa z ruin zabytkowego kościoła. Pierwszą mszę św. w murach odbudowanego kościoła ks. Brandys odprawił podczas pasterki w stanie wojennym, w 1981 roku. Konsekracja kościoła nastąpiła w 1986. W kwietniu 1998 roku abp Edmund Piszcz ustanowił w kościele Sanktuarium Matki Boskiej Fatimskiej oraz poświęcił figurę MB Fatimskiej przywiezioną z Fatimy. 4 marca 1993 podczas narady nad aranżacją wystroju prezbiterium świątyni, przyjęto projekt Włodzimierza Jaroszewskiego i zgodnie z nim zostało ono następnie zaaranżowane. W miejscu przedwojennej nastawy ołtarzowej, został umieszczony, wykonany z jasnego marmuru obwód krzyża, z umieszczoną wewnątrz figurą Chrystusa odlaną z mosiądzu. Ołtarz główny został również wykonany z białego marmuru i umieszczony w prezbiterium zgodnie już z obowiązującym od lat rytem posoborowym. Pomiędzy wspornikami ołtarza znajdują się wolne przestrzenie, w któych umieszczone zostały w późniejszym okresie relikwie bł. Reginy Protmann.