Skromne współczesne wyposażenie prezbiterium dopełniają 2 obrazy polskiego malarza współrzesnego z Lublina Zbigniewa Kotyłły – na lewej ścianie prezbiterium świętej Katarzyny Aleksandryjskiej, patronki kościoła, na prawej zaś błogosławionej Reginy Protmann, założycielki Zgromadzenia Sióstr Świętej KatarzynyZbigniew Czernik Aranżacje wnętrz zabytkowych kościołów diecezji warmińskiej po II wojnie światowej, Warmińsko-Mazurski Biuletyn Konserwatorski 11/2019, s. 172–173.
W roku 2001 papież Jan Paweł II nadał kościołowi św. Katarzyny w Braniewie tytuł bazyliki mniejszej.
Architektura Monumentalna budowla trójnawowa posiada 63-metrową wieżę, której fasadę przecina dziewięć rzędów blend i okien. Fasada wschodnia posiada rozbudowany szczyt, długą latarenkę oraz wysokie, pięcioboczne prezbiterium, do którego przylegają narożne rotundy i zakrystie. Wnętrze bazyliki jest przestronne i puste, wyposażenie niemal zupełnie nowoczesne, nad nawami sklepienia gwiaździste. W prezbiterium dwie gotyckie rzeźbyPiotr Skurzyński „Warmia, Mazury, Suwalszczyzna”, Wyd. Sport i Turystyka – Muza S.A., Warszawa 2004 , s. 94–95..