W państwie krzyżackim (1233–1454) thumb|upright|I pokój toruński: Henryk von Plauen, wielki mistrz zakonu krzyżackiego, zawiera pokój z Władysławem Jagiełłą, królem polskim i Witoldem, wielkim księciem litewskim W 1236 roku, z powodu częstych powodzi nawiedzających te nisko położone tereny, miasto przeniesiono w górę rzeki, w miejsce jego obecnego położenia. Pierwotnego miasta poszukiwano od lat 1970., jednak dopiero na podstawie badań opublikowanych w 2018 roku ustalono, że owa pierwotna lokalizacja miasta położona była ok. 10 km na zachód od obecnej starówki, nad dogodną przeprawą przez Wisłę, na południe od współczesnej wsi Stary Toruń. Prawdopodobnie część mieszkańców pozostała w dotychczasowym miejscu, ponieważ folwark i kościół zostały zniszczone dopiero podczas wojny trzynastoletniej, a w XVII wieku na polach w tym miejscu znajdowano ludzkie czaszki. W 1251 roku odnowiono akt lokacyjny miasta. 1264 roku nadano prawa miejskie drugiej osadzie – Nowemu Miastu, od wschodu stykającemu się ze Starym Miastem. 8 marca 1454 roku oba miasta połączono.
Przed 1280 rokiem Toruń stał się członkiem Hanzy. XIII–XIV wiek to pierwszy okres szybkiego rozwoju miasta. Toruń stał się dużym ośrodkiem handlowym w Prusach, liczącym pod koniec XIV wieku ok.