Odkrycie i gatunki thumb|S. stenops zilustrowany przez Marsha w 1896. Uwagę zwraca 12 płyt na grzbiecie i 8 kolców na ogonie, w rzeczywistości płyt było 17, a kolców 4 Stegosaurus, jeden z wielu rodzajów dinozaurów znalezionych i opisanych podczas wojny o kości, opisany został pierwotnie przez Marsha w 1877 dzięki pozostałościom z północy Morrison w Kolorado. Te pierwsze kości uznano za holotyp gatunku Stegosaurus armatus. Podstawą nazwy rodzajowej tłumaczonej jako „zadaszony jaszczur” stał się błędny pogląd Marsha, jakoby płyty spoczywały płasko na grzbiecie zwierzęcia, zachodząc na siebie dachówkowato jak układane niegdyś flizy. W ciągu następnych kilku lat odkryto mnóstwo nowych szczątków stegozaura i paleontolog opublikował kilka prac na jego temat. Początkowo opisano kilka gatunków, z których część uznano później za niepewne lub za synonimy już wyróżnionych. Pozostawiono z nich dwa dobrze poznane i jeden znany słabo. Potwierdzone szczątki tego rodzaju znaleziono w warstwach stratygraficznych 2-6 formacji Morrison, dodatkowe szczątki z warstwy 1 również mogą należeć do rodzaju.