Pewne gatunki thumb|S. ungulatus w Carnegie Museum of Natural History Stegosaurus stenops, „zadaszony jaszczur o wąskiej twarzy”, którą to nazwę ukuł Marsh w 1887, a holotyp znalazł Marshal Felch w Garden Park, na północ od Canon City w Kolorado w 1886. Jest to najlepiej poznany z gatunków stegozaura, głównie z powodu szczątków obejmujących wśród co najmniej 50 szkieletów, w tym co najmniej jeden kompletny o zachowanych stawach. Zachowały się pozostałości osobników dorosłych i młodocianych, jedna kompletna czaszka i cztery niepełne. Zauropsyd miał duże, szerokie płyty i cztery kolce na ogonie. Był krótszy niż S. armatus, mierząc 7 m długości. Stegosaurus sulcatus, „zadaszony jaszczur bruzdowaty”, opisany przez Marsha w 1887 na podstawie niekompletnego szkieletu, uznawany za synonim S. armatus. Stegosaurus duplex, „zadaszony jaszczur dwuzwojowy” (termin ten odnosi się do znacznie poszerzonego kanału kręgowego kości krzyżowej określonego przez Marsha za „tylną puszkę mózgową”), prawdopodobnie jednaki z S. armatus. Choć nazwał go Marsh w 1887, wyróżniwszy też holotyp, niepołączone stawowo kości znalazł w 1879 Edward Ashley w Como Bluff w Wyoming.