Jeśli by przechowywać te dane (będące już w formacie XML) od razu w formacie XML, to takie postępowanie może być wtedy bardziej efektywne i łatwiejsze ze względu na brak konwersji.
Natywne bazy danych XML Termin "Natywne bazy danych XML" może prowadzić do pomyłek, ponieważ wiele z nich nie jest samodzielnymi bazami danych i nie przechowuje danych w formacie XML.
Formalna definicja od Konsorcjum XML:DB stanowi że natywna baza danych XML:
Definiuje logiczny model dla dokumentu XML, a nie dla danych zawartych w tym dokumencie. Ponadto przechowuje i pobiera dokumenty zgodnie z danym modelem. Jako minimum przyjmuje się, że model musi zawierać elementy, atrybuty, elementy typu dowolny tekst (PCDATA) i kolejność w dokumencie. Przechowuje dane w dokumentach XML jako podstawowych jednostkach przechowujących. Przykładowo, dla relacyjnych baz danych podstawową jednostką przechowującą jest wiersz tabeli, Nie potrzebuje posiadać jakiegoś szczególnego fizycznego modelu przechowywania danych. Przykładowo, bazy danych XML mogą używać relacyjnych, hierarchicznych lub obiektowych struktur bazodanowych, a także zastrzeżonych formatów przechowujących, np. plików skompresowanych.