Dodatkowo, wiele baz danych XML posiada logiczny model grupowania dokumentów, zwanych kolekcjami. Bazy danych mogą zarządzać wieloma kolekcjami jednocześnie. W części implementacji istnieje także hierarchia kolekcji, analogicznie jak w przypadku struktur katalogowych w systemach operacyjnych.
Wszystkie bazy danych XML (od 2006 roku) obsługują co najmniej jedną formę składni zapytania. Prawie wszystkie z nich obsługują w stopniu co najmniej minimalnym XPath do przeprowadzania zapytań dla dokumentów lub kolekcji dokumentów. XPath jest prostym systemem wybierającym, pozwalającym użytkownikom na wyszczególnienie interesujących ich węzłów dokumentów XML spełniających określone przez nich kryteria.
Oprócz XPatha wiele baz danych XML obsługuje XSLT jako metodę przetworzenia dokumentów lub wyników zapytań do tych baz. XSLT posiada deklaratywny język napisany w gramatyce XML. Jego celem jest definiowanie zbioru filtrów XPath, które posłużą do przetwarzania części lub całości dokumentów do innych formatów, np. czysty tekst, XML, HTML lub PDF.