Nie wszystkie bazy danych XML obsługują XQuery do wykonywania zapytań. XQuery zawiera XPath jako metodę wyboru węzłów ale jednocześnie rozszerza ten XPath tak, aby posiadał pewne własności transformujące. Znaczy to, że składnia zawiera takie słowa kluczowe jak: 'For', 'Let', 'Where', 'Order' i 'Return', które mogą zmienić (transformować) odpowiedź na pierwotne zapytanie XPath. Swoją drogą, anglojęzyczni użytkownicy odnoszą się czasami do składni XQuery jako FLWOR (wymowa angielska: flower) ze względu na pierwsze litery powyższych słów kluczowych.
Część baz danych XML obsługuje interfejs programistyczny API zwany XML:DB API (albo XAPI) jako formę niezależnej od implementacji dostępu do składnicy danych XML. W bazach danych XML, XAPI przypomina ODBC i JDBC używane w relacyjnych bazach danych.
Bazy danych obsługujące XML:DB API (XAPI) Poniższe bazy danych XML implementują XML:DB API w postaci zdefiniowanej przez XML:DB Initiative.